FLIPメインプログラムのexeファイルをダブルクリックして実行しましたが、うまく起動できません。

FLIPメインプログラムは、GUIアプリケーションではありませんので、直接、exeファイルをダブルクリックしてもプログラムを動かすことは出来ません。バッチ形式で起動していただくか、FLIPGEN等のプリポストプログラムから呼び出してください。