FLIPプログラム本体は、FLIPSIMやFLIPGENのようにアイコンが自動生成して立ち上げるということはないのでしょうか？

FLIPプログラム本体はGUIアプリケーションではありませんので、アイコンをクリックして立ち上げるような仕様ではございません。

FLIPプログラムは、数値解析を目的としたアプリケーションです。バッチファイルから起動していただく他に、FLIPGEN等のプリポストプログラムから呼び出して解析していただくことができます。