理由の一つとして考えられることは、最近の CPU では省電力の兼ね合いから、負荷に応じてダイナミックに動作周波数を変更しています。上記の設定が適切に行われていないと、計算を実行しても動作周波数は上がらずに計算時間がかかることもあります。
Windows では電源オプションから適切な電源プランを選択するか、プランの詳細を設定しプロセッサの電源管理を行っています。
各OEMメーカによって設定された値であったり、Windowsの一般的な設定ですので、FLIPプログラムの実行の際の各パラメータについての推奨値などはございません。
お使いのPCで、コントロールパネルの電源オプションのプロセッサの電源管理などをご確認ください。