FLIPプログラムの実行モジュールはIntel第2世代Coreiプロセッサー（Sandy　Bridge）以降が対象ということですが、Xeonでも実行可能でしょうか？

弊社で実施したテストでは、Xeonでも正常に動作いたしました。

なお、Xeonにもアーキテクチャの進化によるいくつかの世代があるようですので、すべてのバージョンで正常に動作するかは不明です。
Xeonのアーキテクチャの世代がご不明の場合は、「Xeon （Sandy Bridgeマイクロアーキテクチャ世代）」の情報をお調べいただきますとご参考にしていただけるかと存じます。