FLIPプログラムを実行しようとしたところ「Fatal Error : This program was not built to run in your system.」というメッセージがでました。

まずは以下の3つが考えられますので、ご確認ください。

・OSがWindows（64bit版）ではない

・CPUがAVX命令（※）に対応していない

・Intelのランタイムが正しくインストールされていない

（※）以下のページの「動作環境」を参照してください。
https://www.flip.or.jp/ja/pre-post_program.html#dosa